کروماتوگرافی بر اساس توزیع بین دو فاز کار می‌کند. فاز متحرک از کنار فاز ساکن عبور می‌کند. مولکول‌ها بین این دو فاز توزیع می‌شوند. هر مولکول بسته به میل شیمیایی خود، بخشی از زمان را در فاز ساکن می‌گذراند. مولکول‌هایی که بیشتر جذب فاز ساکن شوند، کندتر حرکت می‌کنند. مولکول‌های با جذب ضعیف، سریع‌تر عبور می‌کنند. این تفاوت در سرعت باعث جداسازی می‌شود. در نتیجه، هر جزء در زمان متفاوتی از ستون خارج می‌شود. این روش برای جداسازی مخلوط‌های شیمیایی بسیار مفید است.
